Заснований у 1976 році на громадських засадах, як краєзнавчий музей. Розміщувався у будівлі 1920—1930-х років по вулиці Зелена з низкою інших установ неподалік від центру Чорткова.

Від 1978 — музейний заклад отримав державний статус.

Від 1991 — в музеї майже повністю оновлена експозиція, й вона набула національно-патріотичного спрямування.

До 2002 — музей був відділом Тернопільського краєзнавчого музею. З 2003 року став Чортківським районним краєзнавчим музеєм.

У музеї організовувалися стаціонарні та пересувні виставки, проводилися наукова та освітня робота, екскурсії по музею та місту, виступи музейників на місцевому радіомовленні, готувалися публікації до міських та районних часописів.

Від 2014 музей перейшов з підпорядкуванні районної ради до міської ради. 26 лютого 2021 року Чортківський міський краєзнавчий музей перейменовано в Музейну резиденцію Чорткова.

На даний момент музей готується до переїзду та відкриття в новому приміщенні на вул. Залізнична.